济宁学院体育学院发展至今，已走过了50余年的奋斗历程。回顾其发展历史，几经变迁，在挫折中奋起，在曲折中前进。艰难困苦，玉汝于成；创业维艰，奋斗以成。她的每一点成就、每一步发展，都凝聚着各级领导的关怀，凝结着学院几代体育人的心血和奋斗。
体育学院的前身应追溯到1971年济宁地区师范专科学校重建时设立的军体组。按照当时的组织机构设置，学校党的核心领导小组和革委会下设办公室、教革组、政工组、后勤组和中文科、数学科、理化科、文艺科。教革组下设教务组、教学科研室、文印室、图书馆、仪器室、军体组、学工学农组。按照当时的课程设置，分为三大部分，一是以毛泽东著作为基本教材的政治课，二是专业课，三是以备战为中心的学军课及学工学农为内容的劳动课。学军课有军体组老师承担。
根据当时教育形势的需要，学校重建初期，计划开设中文、数学、物理、化学四个专业，1971初，经到12个县（市）调查，决定开设中文、数学、物理、化学、革命文艺等专业，1971年10月，又申请开设了体育班。直到1977年恢复高考前，专业设置未再有变化。
1977年1月，革命文艺科改为艺体科，1978年12月体育专业从艺体科中分离，成立体育系。1983年8月，学校成立公共体育教研室，负责全校公共体育课教学。1989年9月，学校函授教育增设体育专业。1994年7月，学校决定撤销公共体育教研室，并入体育系。2007年3月，济宁师专升格为济宁学院，体育系随之升格办学。，2007年7月开设社会体育专科专业，2008年7月开设体育教育本科专业；2015年7月开设运动康复本科专业，社会体育专科专业停办；2020年7月与山东体育学院签约为硕士生联合培养单位；2021年7月开设体育教育校企联合（乒乓球方向）本科专业。2021年3月，学校撤系建院，体育系改为体育学院。
