体育学院始创于1977年，现有体育教育、运动康复两个本科专业。其中，体育教育专业发展40余年，运动康复专业2015年开始招生。体育学院于2019年与山东体育学院签订联合培养硕士研究生协议，目前已联合培养4届硕士研究生。同时，体育学院承担全校大学体育课程，充分发挥高校体育在综合育人中的作用。
体育学院现有教职工55人，其中教授2人，副教授17人，具有博士学位的教师12人，在读博士8人，具有硕士学位的教师29人，硕士研究生指导教师6人；现有国际级裁判2人，国家级裁判2人。体育学院先后承担了国家级科研课题2项、省部级科研课题20余项，校级科研课题30余项，发表学术论文400余篇，其中核心刊物90余篇，两次获山东省高校体育科研先进单位，2人次参加奥运会科学大会，多人次获市人文社会科学奖、科技进步奖。
体育学院体育学实验中心现设有8个实验室(总投入700余万元)。现有标准400米塑胶田径场2个，草坪足球场2个，球类体育馆1个、体操房1个；有塑胶篮球场地16块、塑胶排球场地8块、塑胶网球场地4块，以及乒乓球室、武术、羽毛球、瑜伽房等场馆设施。
2018年以来体育学院学生共获各级各类学科竞赛获奖1180余项，其中国家级奖项55项。学生在山东省高校体育教育专业学生基本功大赛、山东省师范类高校学生从业技能大赛、山东省大学生职业规划大赛等比赛中屡获佳绩。
体育学院培养了一批优秀体育教师、教练员、运动员和管理干部，为山东和我国体育事业、高等教育事业和奥林匹克运动，以及经济社会发展作出了突出贡献，社会各界充分肯定。
一、体育教育（师范类）
培养目标：本专业培养适应国家基础教育改革与发展要求，立足济宁，面向山东，服务新时代“健康中国”战略，德智体美劳全面发展，富有高度的社会责任感和强烈的教育情怀，具备扎实的体育学科知识、娴熟的运动技能和较强的教育教学能力，具有创新精神和终身学习发展能力，能够将教育家精神内化于心，外化于行，能够从事体育教学、课外运动训练与竞赛、学校体育管理等工作的优秀中学教师。
专业核心课程：课程与教学论、教育心理学、体育教学技能、中学体育教材教法、德育与班级管理、教育政策法规与职业道德、教师语言、体育保健学、体育心理学、学校体育学、运动训练学、体育科研方法、体育统计学、田径、体操、篮球、排球、足球、武术、健美操。
就业与发展方向：学生就业以中小学体育教师为主，同时“一专多能”，可以兼顾社会体育指导员、健身指导员、体能康复等社会紧缺就业岗位。
二、运动康复
培养目标：本专业培养德、智、体、美、劳全面发展，思想政治素质过硬，具有高度的社会责任感、较好的科学精神和人文素养；具有扎实的康复治疗学和体育学的知识体系，掌握运动康复基础知识、基本理论和基本技能，掌握运动康复诊疗和运动防护技能，能够在各级保健康复机构、运动训练基地、健身机构从事运动损伤康复、肌肉骨骼康复、运动防护等工作的高素质应用型专业人才。
专业核心课程：推拿与按摩、中医针灸、肌肉骨骼康复学、神经康复学、心肺疾病康复学、太极拳与推手、太极器械健身法、健身气功功法、武术健身功法、导引养生功法、中国传统体育养生学、运动处方原理与方法、运动损伤防治学、运动生物化学。
就业与发展方向：学生能够在各级保健康复机构、运动训练基地、养老服务机构、健身会所、体育科研部门、学校等从事运动康复诊疗、运动防护、物理治疗、健康指导与管理、体能和体质监测等工作，尤其在“健康中国”背景下就业前景广阔。
